Dzięki zdobytemu doświadczeniu i pracy zespołowej kardiochirurgów, kardiologów, anestezjologów, perfuzjonistów i pielęgniarek zaczęto operować rocznie 400-500 dzieci z wadami serca, w tym około 30% noworodków i niemowląt, co stanowiło największy w Polsce odsetek operowanych dzieci w tej grupie wiekowej. Zaczęto wprowadzać nowe metody operacyjne oraz je udoskonalać. Dotyczyło to między innymi korekcji anatomicznej przełożenia wielkich pni tętniczych u noworodków, uzyskując jedną z najliczniejszych w Europie populacji pacjentów po tej operacji. Równolegle wprowadzano nowe techniki diagnostyki kardiologicznej, w tym prenatalnej oraz kardiologii interwencyjnej, a także procedurę ECMO u noworodków bez wady serca oraz u dzieci we wczesnym okresie pooperacyjnym.

W 2013 roku dokonano adaptacji dawnej apteki szpitalnej na nowy dwukondygnacyjny kompleks Kliniki z oddziałem kardiochirurgii, blokiem operacyjnym z dwiema salami operacyjnymi oraz salą intensywnej opieki pooperacyjnej na 12 stanowisk wraz z niezbędnym zapleczem. Jedna z sal operacyjnych, którą wyposażono w nowoczesny angiograf, stała się miejscem wykonywania operacji hybrydowych.

Po przejściu na emeryturę Pana Profesora Jacka Molla od stycznia 2023 roku nowym Kierownikiem Kliniki została Pani Profesor Katarzyna Januszewska. Wraz z Profesorem Edwardem Malcem oraz całym zespołem kontynuuje i rozwija dotychczasowe osiągnięcia Kliniki Kardiochirurgii. Obecnie w Klinice przeprowadza się całe spektrum korekcji wrodzonych wad serca u dzieci, w tym wieloetapowe leczenie wszystkich form serca jednokomorowego a także operacje zaburzeń rytmu i przewodnictwa. W oparciu o współpracę z Zakładem Kardiologii Prenatalnej pod kierownictwem Pani Prof. Marii Respondek-Liberskiej oraz Kliniką Patologii Noworodka pod kierownictwem Pani Prof. Iwony Maroszyńskiej, Klinika specjalizuje się we wczesnych korekcjach wad serca w wieku noworodkowym. Dzięki współpracy z Kliniką Kardiologii Dziecięcej pod kierownictwem Pana Prof. Tomasza Moszury w Klinice przeprowadzane są operacje hybrydowe w wybranych wadach serca.

Przez dziesięciolecia rozwój Kliniki był możliwy dzięki olbrzymiemu wsparciu ściśle współpracujących z Kliniką fundacji: Wielkiej Orkiestry Świątecznej Pomocy, Polish Children Heart Line, Serca Dziecka, Mam Serce, Towarzystwa Przyjaciół Dziecka z Wadą Serca, Mamy Serce oraz Cor Infantis. Dzięki pomocy tych fundacji Klinika umożliwia pobyt na oddziale rodzicom wraz z ich chorym dzieckiem.